Муниципальное бюджетное учреждение дополнительного образования города Ульяновска «Детский эколого-биологический центр» начинало свою деятельность как Заволжская станция юных натуралистов, которая была открыта в сентябре 1987 года. Первым директором учреждения был Рябченко Александр Максимович.
Первоначально занятия с ребятами проводились лишь в одной теплице при школе № 71. Постепенно для юных натуралистов открывались теплицы при школах Заволжского района. В 1995 году занятия с детьми велись в теплицах школ № 9, 20, 64, 68, 73, 74, 75, а также в детских подростковых клубах по месту жительства.
С первых дней работы учреждение было организатором массовых натуралистических мероприятий в микрорайоне «Новый город»: День птиц, творческие выставки «Природа и фантазия», «Слёт юных натуралистов». Традиции, основанные с первых дней работы станции, бережно сохраняются и преумножаются педагогическими работниками и учащимися детского эколого-биологического центра.
С 2000 по 2007 годы учреждение располагалось в здании бывшего детского сада по адресу: проспект Созидателей, дом 52. С 2002 по 2007 годы учреждением руководила Шкробот Лариса Владимировна.
С 2007 по 2021 годы учреждение располагалось по адресу улица Карбышева, дом 38 (в здании школы № 86). Директор учреждения – Бакаева Людмила Викторовна. В этот период важное место в работе учреждения занимала проблема создания единого эколого-образовательного пространства в муниципальном образовании «город Ульяновск».
С июля 2021 года детский эколого-биологический центр находится по адресу бульвар Пензенский, дом 17. Директор учреждения Юсупова Эльвира Румыльевна.
В настоящее время в муниципальном бюджетном учреждении дополнительного образования города Ульяновска «Детский эколого-биологический центр» под руководством 28 педагогов занимаются 1350 учащихся. В центре реализуются 28 дополнительных общеразвивающих программ по шести направленностям образовательной деятельности: естественнонаучная, социально-педагогическая, туристско-краеведческая, физкультурно-спортивная, художественная, техническая. Детские образовательные объединения работают на базе экологического центра и в 9 общеобразовательных организациях города Ульяновска.
Учреждение является организатором экологических акций, тематических мероприятий, конкурсов, в которых ежегодно принимают участие более 25 тысяч учащихся и воспитанников образовательных организаций города Ульяновска.
В центре оборудованы учебные кабинеты, Живой уголок, Зимний сад, методический кабинет, оформлена постоянно действующая выставка по прикладному творчеству.
В Зимнем саду собрана коллекция 100 видов цветочно-декоративных и декоративно- лиственных растений, представляющих различные климатические зоны планеты.
В Живом уголке обитает 10 видов декоративных животных, в том числе декоративных птиц. Живой уголок и Зимний сад с удовольствием посещают воспитанники детского эколого-биологического центра, учащиеся школ города Ульяновска.
В учреждении работает творческий высокопрофессиональный педагогический коллектив.
Педагоги центра являются победителями и призёрами Всероссийского, областного и городского конкурсов педагогического мастерства «Сердце отдаю детям».
С 2002 года учреждение является активным участником программы развития инновационных процессов в образовании Ульяновской области, дважды работало в статусе научно-методического центра. За годы инновационной деятельности детский эколого-биологический центр превратился в организационный и научно-методический центр по вопросам экологического воспитания и дополнительного образования детей, в котором разработаны и внедряются экспериментальные, авторские дополнительные образовательные программы, рабочие тетради к ним, целевые воспитательные программы, что обеспечило формирование в учреждении условий для развития интеллектуальных и творческих способностей ребят, образовательный, воспитательный, развивающий эффект.
С сентября 2023 года учреждение работает над темой «Интеграция естественнонаучной и духовно-нравственной направленности в формировании ответственного природопользования учащихся в учреждении дополнительного образования» в статусе «Региональная инновационная площадка».