Муниципальное бюджетное учреждение дополнительного образования города Ульяновска «Детский эколого-биологический центр» начинало свою деятельность как Заволжская станция юных натуралистов, которая была открыта в сентябре 1987 года. Первым директором учреждения был Рябченко Александр Максимович.
Первоначально занятия с ребятами проводились лишь в одной теплице при школе № 71. Постепенно для юных натуралистов открывались теплицы при школах Заволжского района. В 1995 году занятия с детьми велись в теплицах школ № 9, 20, 64, 68, 73, 74, 75, а также в детских подростковых клубах по месту жительства.
С первых дней работы учреждение было организатором массовых натуралистических мероприятий в микрорайоне «Новый город»: День птиц, творческие выставки «Природа и фантазия», «Слёт юных натуралистов». Традиции, основанные с первых дней работы станции, бережно сохраняются и преумножаются педагогическими работниками и воспитанниками детского эколого-биологического центра.
С 2000 по 2007 годы учреждение располагалось в здании бывшего детского сада по адресу: проспект Созидателей, дом 52. С 2002 по 2007 годы учреждением руководила Шкробот Лариса Владимировна. В этот период важное место в работе учреждения занимала проблема повышения качества образования и мастерства педагогов, вступление в поисковую инновационную экспериментальную работу.
С 2007 года учреждение располагается по адресу улица Карбышева, дом 38 (в здании школы № 86). Директор учреждения – Бакаева Людмила Викторовна.
В настоящее время в муниципальном бюджетном учреждении дополнительного образования города Ульяновска «Детский эколого-биологический центр» под руководством 30 педагогов занимаются более 1400 учащихся. В центре реализуются 28 дополнительных общеразвивающих программ по пяти направленностям образовательной деятельности: естественнонаучная, социально-педагогическая, туристско-краеведческая, физкультурно-спортивная, художественная. Детские образовательные объединения работают на базе экологического центра и в 9 общеобразовательных организациях города Ульяновска.
Учреждение является организатором экологических акций, тематических мероприятий, конкурсов, в которых ежегодно принимают участие более 25 тысяч учащихся и воспитанников образовательных организаций города Ульяновска.
В центре оборудованы учебные кабинеты, Живой уголок, Зимний сад, методический кабинет, в холле оформлена постоянно действующая выставка по прикладному творчеству. В Зимнем саду собрана коллекция 100 видов цветочно-декоративных и декоративно- лиственных растений, представляющих различные климатические зоны планеты. В Живом уголке обитает 10 видов декоративных животных, в том числе декоративных птиц. Живой уголок и Зимний сад с удовольствием посещают воспитанники детского эколого-биологического центра, учащиеся школ города Ульяновска.
В учреждении работает творческий высокопрофессиональный педагогический коллектив. Педагоги центра являются победителями и призёрами Всероссийского, областного и городского конкурсов педагогического мастерства «Сердце отдаю детям».
С 2002 года учреждение является активным участником программы развития инновационных процессов в образовании Ульяновской области, дважды работало в статусе научно-методического центра.
С сентября 2018 года учреждение работает над темой «Культурологические основы экологического образования в учреждениях дополнительного образования» в статусе «Региональная инновационная площадка».